Бидејќи вирусот овошје од домати кафеав ругоза инфицира растенија од домати и пиперки низ целиот свет, компаниите за семе работат на одгледување на отпорен домат.
Богати генетски и геномски ресурси беа достапни за одгледувачите на домати дури и пред почетокот на проектите за геномско секвенционирање на доматите. Големи колекции на гермплазма од домати веќе долго време се основани на неколку локации. Повеќе од 75,000 приеми на домати се зачувани во генетските банки низ целиот свет. Една од најголемите е генбанка USDA во Geneенева, NYујорк.
Секвенционирањето на геномот на доматот беше иницирано во 2005 година како мултинационален напор помеѓу 14 земји и заврши во 2012 година. Овие напори беа значително забрзани со примена на вештачка интелигенција, машинско учење и напредни алгоритми за анализа на големи количини генетски и фенотипски податоци.
Томато-паногеном
Истражувачите од Институтот Бојс Томпсон во 2020 година создадоа висококвалитетен референтен геном за диви домати за да произведат поцелосен и корисен пан-геном за домати. Откриле делови од геномот кои се основа на вкусот на овошјето, големината и зреењето, толеранцијата на стрес и отпорноста на болести. Делумно благодарение на врвните технологии за секвенционирање кои можат да читаат многу долги парчиња ДНК, референтниот геном е покомплетен и попрецизен од постојната база на податоци.
Постарите технологии за секвенционирање кои читаат пократки парчиња ДНК ги идентификуваат мутациите на ниво на една база. Сепак, тие не се добри во наоѓање на структурни варијанти како што се вметнувања, бришења, инверзии или удвојувања на големи парчиња ДНК.
Во 2019 година, меѓународна група истражувачи конструираше пан-геном за домати користејќи геномски секвенци од 725 филогенетски и географски репрезентативни сорти. Оваа база на податоци вклучува 4,873 гени кои не се наоѓаат во оригиналниот референтен геном. Тековните / отсутните анализи на варијации открија значителна загуба на гени и интензивен негативен избор на гени и промотори при припитомување и подобрување на доматот.
Прочитајте ја целата статија на www.seedworld.com.